En Midori Edo és un nen en trànsit cap a l?edat adulta. Viu amb l?Aiko, la seva mare soltera, i la seva àvia Masako, i rep visites del seu pare biològic. En Hanada, el seu amic de l?escola, vol vestir-se de dona per anar pel carrer «com si m?estiguessin apunyalant». I la Mizue, que està enamorada d?ell, li demana més proximitat física. Crònica subtil del canvi, la recerca de la identitat sexual i l?amistat, Allò que brilla com el mar és, per damunt de tot, una història en què flueixen amb naturalitat els aspectes més recòndits de l?ànima.